בכ״ט בנובמבר 1947 נערכה בעצרת האומות המאוחדות ההצבעה על חלוקת ארץ ישראל. על פי מפת החלוקה הייתה יד מרדכי אמורה להיכלל בשטח המדינה הערבית שתוקם. המצב הביטחוני הלך והחמיר. הנסיעה לתל אביב נעשתה קשה יותר ויותר. יריות ומחסומים של פורעים ערביים הפכו לעניין של שגרה בדרכן של משאיות הקיבוץ מן העיר הביתה.

מיקומו של הקיבוץ על אם הדרך לתל אביב הפך אותו ליעד אסטרטגי, שיכול היה להוות מכשול ובלם בפני פולש מצרי אם כוח צבאי כזה ינסה לפרוץ למרכז הארץ. חברי הקיבוץ היו מודעים לעובדה זו ועסקו כל העת בביצור הנקודה ובהפיכתה למתחם צבאי. היה ברור להם שבבוא עת מבחן הם יהיו חייבים להילחם על ביתם, כמו גם לסייע במאמץ הכללי של המדינה הנלחמת על עצמאותה. הקיבוץ הפך למבצר. נחפרו תעלות קשר, עמדות דופנו בפחים ובשקי עפר והונחו מוקשים מחוץ לגדר. הקיבוץ חולק לעשר גזרות ולכל עמדה מונה מפקד.

ב-14 במאי, ה’ באייר, הוכרזה מדינת ישראל. למחרת החלה פלישת צבאות ערב לשטחי המדינה. ב-18 במאי הזדמן לאחד משני המפקדים של הקרב ביד מרדכי להצטרף לרכב של הצלב האדום שניסה להניע לכפר דרום כדי לפנות פצועים. הוא הגיע לעזה, נכח בריכוזי הצבא המצרי באזור והצליח להבין משיחה אקראית שהכוח מתכנן לכבוש את יד מרדכי. הקיבוץ נערך למתקפה הצפויה שהחלה עוד באותו יום בהפצצה וירי מן האוויר של מטוסים מצריים. היה הכרח לפנות את הילדים ששהו כל העת במקלטים. בלילה הגיעו משורייני הפלמ”ח מניר-עם בפיקודו של גרשון דבנבוים ז”ל, ופינו את הילדים וחלק מן הנשים לקיבוץ רוחמה ומשם צפונה למקום מבטחים. ב-19 במאי החל הקרב על הקיבוץ. מטוסים וארטילריה הפגיזו את המשק ופגעו במגדל המים. החלה התקפה קרקעית של חיל רגלים מלווה בשריוניות ולאחר מכן גלי התקפה נוספים על עמדות הקיבוץ עצמו. כל ההתקפות נהדפו אך העמדה הקדמית נהרסה וכותרה ולוחמיה פינו עצמם למשק. בסוף היום היו לקיבוץ שישה הרוגים.

ביום שלמחרת, 20 במאי, נמשכו ההפגזות וגלי התקפות חיל הרגלים מצד דרום. החיילים המצריים נהדפו אך התחמושת החלה לאזול ומניין האבדות הגיע ל 12 הרוגים ו-24 פצועים‫.‬ בלילה הצליחה תגבורת של אנשי פלמ״ח להניע למשק, והם עודדו וחיזקו את חברי הקיבוץ העייפים. ביומיים הבאים נמנעו המצרים מהתקפות ישירות ו”הסתפקו” בהמשך ההפגזות וההפצצות מן האוויר אך ביום החמישי למערכה חזרו וניסו לכבוש את הקיבוץ. הפעם הצליחו לחדור פנימה והשתלטו על עמדה מספר אחת. טנק מצרי שהתקדם באזור הלולים נחסם על ידי חבר קיבוץ שהשליך לעברו רימוני יד ונהרג תוך שהוא עוצר את התקדמותו. הלוחמים האחרים הסתערו על העמדה ובקרבות פנים אל פנים הדפו את המצרים לאחור. בסיומו של יום לחימה קשה זה עלה מניין האבדות ל-23 הרוגים. למצרים היו כ-300 נפגעים. לאחר חמישה ימים של לחימה אזלה מרבית התחמושת, לרופא לא נותרו חומרי חבישה והמפקדים שלחו מברקים דחופים בבקשת סיוע למפקדת חטיבת הנגב בניר-עם. הפלמ”ח היה עסוק בהגנה על כל מרחבי הנגב ולא יכול היה להקצות את העזרה המבוקשת. בלילה פונו הפצועים והנשים במשוריינים לגברעם. החברים טמנו את ההרוגים בקבר אחים תחת בונקר המפקדה ועם שחר ניתנה פקודת הנסיגה. חברי הקיבוץ פונו צפונה והתאחדו עם הנשים והילדים שפונו בתחילת הקרב.