מבנה הנוקטה בקיבוץ יד מרדכי דומה במידותיו למידות הסטנדרטיות של הנוקטות ברחבי הארץ.

מידות הפנים: 3.00 מטר * 3.25 מטר. למבנה שלושה חלונות גדולים יחסית בכל אחד משלושת הקירות ועליהם סורגי ברזל. גובה החלונות: 60 ס”מ. רוחבם – 80 ס”מ. בקיר הרביעי – דלת מתכת. הגג, כמו בכל מבני הנוקטות בארץ היה עשוי רעפי חרס שיפועיים. בתוך הנוקטה היה מתקן מעמד לרובים. כמו כן כללה התחנה מחברת יומן פעילות ונוכחות, נשק, שלעיתים כלל גם אקדח רקטות, תחמושת לרובים, כלי ניקוי לנשק, מיטה צבאית מתקפלת, שולחן וכדומה.

עוד בטרם סיום המנדט הבריטי ופריצת מלחמת העצמאות, שמשו הנוקטות בחלק מהיישובים גם כתחנות קשר. האלחוטן או האלחוטנית של הקיבוץ שקיבלו הכשרה מיוחדת בקורס אלחוטנות של ההגנה, היו מנהלים תקשורת יומיומית עם תחנות אחרות. הקשר התנהל באמצעות מכשיר קשר מזוודה, מכשיר הליוגרף (שפעל באמצעות קרני השמש) לאיתות ביום ופנס איתות בלילה. הקשר היה בסגנון המורס.

ליד הנוקטה היה מקלט המטה שנפגע קשה בהפגזה ביום השלישי של הקרבות. הבור שנפער עם קריסתו של המקלט, שימש כקבר האחים הארעי של החללים שנפלו במהלך הקרב. בדצמבר 1948, כחודש אחרי שחרור הקבוץ מידי המצרים, הועברו גופות החללים
למנוחת עולמים בבית הקברות שנכרה על הגבעה, שלימים תיקרא גבעת המוזיאון.